Lo primero de todo es que tendrás que ir a la ruta donde están los webclips. Cuando ya estés, verás varias carpetas con caracteres raros. Busca el webclip que quieras modificar su icono e imagen de carga.

Identificarás el webclip por el icono que aparece en el springboard.

Para el icono haz una imagen de dimensiones 59x60 px (iPhone/iPod touch), 74x76 px (iPad), 118x120 px (iPhone/iPod touch con retina display) ó 148x152 px (iPad con retina display) y llamalo icon.png.
En iOS 4.2.1 o superior es posible hacer una imagen cuadrada con dimensiones 144x144 px y en el Info.plist añadir el siguiente código:

<key>IconIsPrecomposed</key>
<true/>

Para la imagen de carga haz una imagen con dimensiones 320x460 px (iPhone/iPod touch) 768x1004 px (iPad), 640x920 px (iPhone/iPod touch con retina display) ó 1536x2008 px (iPad con retina display) y llamala startup.png.

Aquí unos ejemplos: